Negeri negeri Maluku memiliki sistem pemerintahan sendiri. Berikut ini adalah susunan pemerintahan di negeri negeri Maluku (sumber dibawah):
1) Raja
2) Soa
3) Kewang
4) Saniri Negeri
5) Fam
6) Marinyo
1) Raja
Layaknya sebuah kerajaan dimana penerus tahta adalah keturunan raja sebelumnya, maka demikian pula terjadi dalam pemilihan raja negeri. Calon raja terpilih minimal masih memiliki hubungan darah dengan raja-raja negeri sebelumnya, atau disebut matarumah negeri. Kemudian yang memutuskan siapa raja terpilih adalah para saniri negeri, tetua-tetua adat negeri yang sehari hari membantu raja. Seorang raja memiliki masa pemerintahan 5 tahun, dan setelah itu dapat dipilih lagi. Keputusan Saniri negeri akhirnya dilegitimasi dalam SK bupati maluku tengah.
Soa adalah sebuah kelompok yang terbangun di dalam sebuah negeri dan merupakan budaya khas alias local wisdom orang Maluku terutama yang hidup di negeri-negeri di Seram bagian selatan, Seram bagian timur, Seram bagian barat, Pulau Buano, Pulau Kelang, Pulau Manipa, Haruku, Nusalaut, Saparua dan Ambon. Soa memiliki kapasitas yang lebih besar dari pada sebuah fam atau marga, karena soa mencakup beberapa fam atau marga.
Biasanya Soa itu terbangun dan ditentukan sebagai suatu komunitas/lembaga kecil di dalam suatu komunitas besar (negeri) berdasarkan hal-hal tertentu yang secara historis ada kaitan antara sesama satu soa tersebut. Entah itu memiliki hubungan/kaitan darah (geneologis) tetapi juga memiliki kaitan-kaitan lainnya.
3) Kewang
Kewang: Negeri-negeri adat Maluku di wilayah Ambon, Haruku, Nusalaut, Saparua, Seram bagian barat, Seram bagian timur, Pulau Buano, Pulau Kelang dan Pulau Manipa umumnya mengenal suatu jabatan adat yang bernama Kewang atau Kewano. Kewang adalah suatu jabatan dalam tradisi Maluku yang tugasnya adalah melakukan perlindungan dan konservasi terhadap SDA (Sumber Daya Alam) yang ada di negeri yang bersangkutan.
Kewang bertanggungjawab terhadap Tuhan, raja negeri dan rakyatnya. Beban pemeliharaan kelestarian dan kebersihan negeri berada di pundak anggota-anggota kewang.
Kewang secara umum dibagi atas kewang darat dan kewang laut. Perbedaan kedua jenis kewang ini adalah wilayah operasi konservasi dan perlindungan, bilamana kewang darat bertugas melakukan konservasi atas SDA (Sumber Daya Alam) di darat seperti mensasi sumber air, mensasi hutan bambu dll. sedangkan kewang laut bertugas melakukan konservasi atas SD (Sumber Daya Alam) di laut seperti mensasi populasi ikan, mensasi terumbu karang, mensasi pantai dll.
4) Saniri Negeri
Negeri-negeri lain di Maluku pada umumnya dan negeri-negeri lain di Ambon, Haruku, Saparua, Nusalaut dan Seram mempunyai badan legislatif semacam parlemennya tersendiri yang mengurusi perkara pemerintahan sekaligus adat dalam negeri.
Badan legislatif negeri ini dikenal sebagai Saniri Negeri. Saniri negeri memiliki anggota berupa 1 orang perwakilan dari setiap fam-fam atau marga-marga asli di negeri yang bersangkutan (dalam hal ini Ullath) atau perwakllan dari fam-fam menetap (pendatang) yang sudah memiliki dan memakan hak fam atau marga asli seperti fam Matheos, Matulessy dan Picauli.
Badan Saniri ini terbagi atas 3 macam yaitu:
1) Saniri Raja Patih: yang terdiri atas raja dan kepala soa dan pelaksana administrasi dari pemerintah pusat.
2) Saniri Lengkap: yang terdiri atas Raja, kepala Soa dan pejabat-pejabat lainnya untuk membuat aturan-aturan adat.
3) Saniri Besar: yang merupakan semua pejabat pemerintah Negeri juga semua warga laki-laki yang sudah dewasa.
5) Fam / Matarumah
Fam Orang Maluku merujuk kepada nama fam (familienam), nama keluarga, nama marga atau mataruma yang dipakai di belakang nama depan atau nama lahir masyarakat Ambon/Maluku. Nama-nama fam (familienam), mataruma atau marga di sini belum mencakup seluruh nama-nama fam (familienam), mataruma atau marga yang ada di suku-suku di Maluku Tenggara seperti Suku Kei, Aru, Fordata dll.
Di Indonesia Timur terutama pada masyarakat Ambon/Maluku, kata marga dikenal secara umum sebagai kata fam, yang menunjukkan pengaruh dari bahasa Belanda. Kata fam berasal dari kata familienam yang berarti “nama keluarga”. Bagi orang Ambon/Maluku, kata fam juga dikenal sebagai mataruma.
Fam orang Ambon diambil dari nama keluarga yang digunakan oleh pihak laki-laki atau pihak ayah karena Suku Ambon menganut paham garis keturunan yang Patrilineal . Nama anak dari sebuah keluarga akan ditambahkan nama fam (familienam) atau nama keluarga atau nama marga atau mataruma sang ayah di belakang nama depan atau nama lahirnya.
Dari nama-nama fam (familienam) atau mataruma orang Ambon berikut ini, dapat dilihat pengaruh bahasa-bahasa Portugis, Inggris, Belanda, Arab, Spanyol dan Bahasa-bahasa asli Maluku terkhusus Bahasa Ambon, yang menunjukkan besarnya pengaruh bangsa-bangsa itu di wilayah Maluku yang nanti berimbas pada penamaan di wilayah Maluku. Beberapa nama keluarga di Maluku juga mendapatkan pengaruh dari hasil kawin silang dari bangsa lain yang tidak memiliki sejarah kolonialisme dengan daerah ini namun memiliki jumlah yang signifikan salah satunya ialah Jerman.
– Sumber: https://id.wikipedia.org/wiki/Fam_Maluku#M
6) Marinyo
Negeri-negeri adat Maluku di wilayah Ambon, Haruku, Nusalaut, Saparua, Seram bagian barat, Seram bagian timur, Pulau Buano, Pulau Kelang dan Pulau Manipa umumnya mengenal suatu jabatan adat yang bernama Marinyo. Asal kata marinyo adalah Mourinho yang diserap dari Bahasa Portugis.
Marinyo secara bahasa berarti polisi atau polisis adat, namun dalam konteks keseharian di negeri-negeri adat di Maluku marinyo didefinisikan sebagai juru bicara raja kepada rakyatnya atau kepada negeri lain. Tugas marinyo antara lain mengumpulkan warga ketika akan dilangsungkannya upacara bendera, natal bersama, makan bersama, meja kasiang, bersih-bersih negeri, lomba HUT RI 17 agustus-an dan ketika ada hal-hal gawat. Marinyo pulalah yang membunyikan kentongan besar di baileu untuk memanggil orang datang.
.
Struktur Pemerintah Adat Negeri Mamala sebagai contoh
Sumber pemerintahan negeri adat Maluku
– Susunan pemerintahan negeri adat Maluku: http://frensly-angelvoice.blogspot.co.id
– Saniri di Negeri Adat Maluku: http://jikti.bakti.or.id/updates/
– Tentang Fam di Maluku: https://id.wikipedia.org/wiki/Fam_Maluku
Kesultanan dan Kerajaan di Indonesia 