Makam raja di Yogyakarta tak hanya di Imogiri, kab. Bantul tapi terdapat juga makam raja-raja Mataram Islam di Kotagede, Yogyakarta. Meski tak sebesar kompleks pemakaman di Imogiri, namun Makam Raja Mataram Islam di Kotagede banyak dikunjungi peziarah. Memasuki gerbang kompleks makam ini peziarah akan menemukan bangunan Masjid Gedhe Mataram yang dibangun oleh Raja Mataram keempat Sultan Agung pada tahun 1640. Masjid Gedhe Mataram ini merupakan masjid tertua di Yogyakarta yang dibangun bergotong royong dengan masyarakat sekitar yang umumnya masih memeluk agama Hindu dan Budha. Di sisi selatan masjid terdapat gerbang masuk ke kompleks makam raja Mataram.
Makam raja ini menjadi bukti kerajaan Mataram di Kotagede yang hingga kini lokasi pastinya belum ditemukan.
Di kompleks ini terdapat sejumlah makam raja antara lain:
– pendiri desa Mataram Ki Ageng Pamanahan,
– raja Mataram Islam pertama Danang Sutawijaya atau Panembahan Senopati, – Raja Pajang,
– sultan Hadiwijaya atau terkenal dengan nama Joko Tingkir,
– panembahan Senopati, Ki Ageng Pemanahan,
– raja Mataram kedua Panembahan Hanyakrawati.
